La mutuelle complète-t-elle les indemnités journalières ?

En cas d’arrêt de travail pour raison médicale, la Sécurité sociale prévoit une compensation financière partielle : ce sont les indemnités journalières. Connues sous l’acronyme IJSS, elles constituent l’un des piliers du système de protection sociale français, à la fois pour les salariés du régime général, certains indépendants et, dans des cas spécifiques, les agents publics.

Lorsqu’un congé maladie, un congé maternité ou un accident du travail suspend l’activité professionnelle, les IJSS prennent temporairement le relais. Elles ne couvrent pas la totalité du salaire, mais permettent d’éviter une perte brutale de revenus, sous certaines conditions.

Depuis le 1er avril 2025, une réforme importante a modifié le mode de calcul de ces indemnités, notamment en abaissant le plafond maximum de rémunération pris en compte. Un changement technique en apparence, mais qui pourrait avoir un impact financier significatif pour de nombreux assurés.

Le dispositif des IJSS est souvent perçu comme complexe. Entre les règles d’ouverture de droits, les délais, les modalités de calcul, les cas particuliers ou encore la fiscalité, il est difficile de s’y retrouver sans une lecture claire et à jour.

Ce guide propose une lecture pédagogique du fonctionnement des IJSS, de leur évolution et des conséquences pratiques pour les salariés, les entreprises et les indépendants. Toutes les données sont vérifiées à partir de sources officielles (Ameli, URSSAF, Service-Public, Loi de financement 2024).

Qu’est-ce que les IJSS ? Définition, bénéficiaires et rôle dans la protection sociale

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) permettent de compenser la perte de revenus en cas d’arrêt temporaire de travail. Qui peut y prétendre, et dans quelles situations ?

Définition des IJSS et situations couvertes

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) sont des prestations versées par l’Assurance Maladie (régime général) à un assuré contraint de cesser temporairement son activité professionnelle pour raisons médicales.

Elles ont pour fonction de compenser partiellement le salaire non perçu pendant cette période. Leurs montants, leur durée et leurs conditions d’attribution varient selon la nature de l’arrêt et le statut de l’assuré.

Les IJSS peuvent être attribuées dans les cas suivants :

Arrêt maladie ordinaire (pathologie courante, accident non professionnel),
Congé maternité, paternité ou adoption,
Accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP),
Affection de longue durée (ALD).

Attention ! Les IJSS ne couvrent jamais l’intégralité du salaire brut. Elles peuvent être complétées par des indemnités employeur (obligatoires ou conventionnelles), ou par des dispositifs de prévoyance.

Qui peut bénéficier des IJSS ?

Les IJSS concernent en priorité les salariés, mais d'autres régimes y ont également accès sous conditions.

Salariés du régime général

Ce sont les principaux bénéficiaires des IJSS. Pour ouvrir droit à l’indemnité journalière en cas de maladie, il faut au choix :

Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils (ou 90 jours) précédant l’arrêt,
Avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire brut au cours des 6 mois civils précédents.

À défaut, les droits ne sont pas ouverts (sauf exceptions spécifiques, comme un accident du travail).

Travailleurs indépendants

Les assurés affiliés à la Sécurité sociale des indépendants (SSI) peuvent aussi percevoir des IJSS, mais :

Ils doivent être à jour de leurs cotisations sociales,
Avoir été affiliés depuis au moins un an au moment de l’arrêt,
Respecter un délai de carence de 3 jours minimum (sauf cas dérogatoires).

Le calcul est basé sur le revenu annuel moyen des 3 dernières années avec un plafond spécifique (inférieur à celui des salariés).

Fonctionnaires et agents contractuels

Les fonctionnaires titulaires ne touchent pas directement d’IJSS, car leur administration continue à leur verser leur traitement en cas de congé maladie ordinaire ou longue durée (selon statut).

Cependant, les agents contractuels ou ceux relevant d'un régime spécifique peuvent percevoir des IJSS dans certaines situations, notamment en complément d’un congé maladie non rémunéré.

Récapitulatif des conditions d'ouverture des droits

Statut	Condition principale	Durée minimale d’affiliation
Salarié privé	150 h en 3 mois ou 1015×SMIC sur 6 mois	Pas de durée minimale si conditions remplies
Indépendant	À jour de cotisation + 1 an d’affiliation	1 an
Fonctionnaire titulaire	Traitement maintenu (pas d’IJSS directes)	—
Agent contractuel	Éligible aux IJSS selon statut	Variable

Calcul des IJSS : base, plafonds et évolution en 2025

Le montant des IJSS dépend du salaire, d’un plafond légal et du contexte de l’arrêt. La réforme du 1er avril 2025 vient modifier les règles de calcul pour de nombreux assurés.

Calcul classique des IJSS en cas de maladie

Lorsqu’un salarié est placé en arrêt maladie, le montant des IJSS est calculé selon les règles suivantes :

Revenu journalier de base : il est égal à la moyenne des salaires bruts des 3 mois civils précédant l’arrêt de travail, les primes compris, dans la limite du plafond mensuel de la Sécurité sociale. En cas d'activité discontinue ou saisonnière, le calcul peut se faire sur les 12 derniers mois.
Montant brut de l’IJSS : il correspond à 50 % du salaire journalier de base.
Plafond légal : l’IJSS ne peut dépasser 50 % du plafond mensuel de la Sécurité sociale (PMSS) ramené à un jour. En 2024, ce plafond est de 3 864 €/mois, soit un maximum d’environ 53,31 € par jour.

Exemple : salarié à 3 000 €/mois brut sur les 3 derniers mois

Élément	Calcul	Résultat
Salaire mensuel moyen	—	3 000 €
Salaire journalier moyen	3 000 € ÷ 30,42	≈ 98,62 €
IJ brute = 50 % du salaire journalier	98,62 € × 50 %	≈ 49,31 €
Plafond IJSS 2024 (brut)	—	53,31 €

Ce salarié perçoit donc 49,31 € bruts par jour (hors prélèvements sociaux), soit un peu moins que le plafond.

Nouveaux plafonds au 1er avril 2025 : ce qui change

Dans le cadre de la Loi de financement de la Sécurité sociale pour 2024, le plafond des IJSS maladie est abaissé de 1,8 SMIC à 1,4 SMIC, depuis le 1er avril 2025.

Conséquence : une baisse du plafond d'indemnisation

Période	Plafond de référence	IJSS maximale par jour
Jusqu’au 31 mars 2025	1,8 × SMIC mensuel (2 991 € brut)	≈ 53,31 €
À partir du 1er avril 2025	1,4 × SMIC mensuel (2 327 € brut)	≈ 41,47 €

Selon l’Assurance Maladie, le salaire journalier maximum pris en compte passera de ≈ 106,62 € à ≈ 82,90 €, avec une baisse de près de 22 % du plafond brut.

Exemples concrets d’impact

Profil salarié	Salaire mensuel brut	IJSS avant avril 2025	IJSS après avril 2025
2 000 €	Pas concerné par plafond	≈ 32,89 €	≈ 32,89 €
3 200 €	Plafonné à 53,31 €	≈ 53,31 €	≈ 41,47 €
4 000 €	Plafonné à 53,31 €	≈ 53,31 €	≈ 41,47 €

Les salariés dont le salaire est supérieur à environ 2 800 € brut par mois seront les plus affectés par cette réforme.

Pourquoi cette réforme ?

Le gouvernement avance deux justifications principales :

Réduire les dépenses publiques, en particulier celles liées à la hausse des arrêts maladie,
Harmoniser le calcul des IJSS avec d'autres régimes, en supprimant une surprotection perçue comme inégalitaire pour certains profils.

Cas spécifiques : IJSS majorées et règles particulières

Certaines situations ouvrent droit à des IJSS plus élevées ou à des conditions plus favorables.

Majoration à partir du 31e jour pour familles nombreuses

Si l’assuré a au moins 3 enfants à charge, le taux d’indemnisation passe à 66,66 % du salaire journalier de base à partir du 31ᵉ jour d’arrêt maladie.

Affection longue durée (ALD)

Pour les affections reconnues comme graves et chroniques, la durée maximale d’indemnisation peut atteindre 3 ans (1 095 jours) contre 360 jours pour un arrêt maladie classique.

Accident du travail ou maladie professionnelle

Les règles spécifiques sont plus avantageuses :

IJSS à 60 % du salaire journalier dès le 1er jour (sans carence),
80 % à partir du 29ᵉ jour d’arrêt,
Aucune carence et calcul basé sur le salaire des 12 derniers mois, y compris heures supplémentaires et primes.

Délai de carence, durée de versement et modalités pratiques

Toucher des IJSS ne se fait pas automatiquement. Délai d’attente, durée de l’indemnisation, documents à fournir… tour d’horizon des démarches et délais à connaître.

Délai de carence selon les situations

Le délai de carence correspond à la période non indemnisée au début de l’arrêt. Il varie selon la nature de l’arrêt et le statut de l’assuré.

Délai standard pour les salariés du privé : 3 jours

En cas d’arrêt maladie classique, la Sécurité sociale n’indemnise qu’à partir du 4e jour. Les 3 premiers jours ne donnent droit à aucune indemnité sauf disposition conventionnelle plus favorable (ex. maintien de salaire dès le 1er jour prévu par certaines conventions collectives).

Pas de délai de carence dans certains cas :

Accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP) : IJSS versées dès le 1er jour d’arrêt, sans carence (CSS, art. L.433-1).
Congé maternité / paternité / adoption : indemnisation immédiate dès le début de l’arrêt (CSS, art. L.331-3 et suivants).
Affection de longue durée (ALD) : si arrêt lié à l’ALD, la carence de 3 jours ne s’applique qu’une seule fois par période de 3 ans (CSS, art. R.313-12).

Fonctionnaires et régimes spéciaux :

Fonctionnaires titulaires : pas d’IJSS, mais maintien du traitement (à plein ou demi-traitement selon la durée).
Agents contractuels : soumis au régime général avec délai de carence sauf accord de l’employeur.

Durée maximale de versement des IJSS

L’indemnisation n’est pas illimitée. Elle est plafonnée en durée selon la cause de l’arrêt et le statut de l’assuré.

Arrêt maladie ordinaire

Les IJSS maladie sont versées pendant 360 jours maximum sur une période de 3 ans glissants (période de référence calculée à partir du premier jour indemnisé).

Ce plafond peut être atteint par un ou plusieurs arrêts, successifs ou non.

Congé maternité / paternité / adoption

La durée d’indemnisation dépend du nombre d’enfants et des grossesses à risque. Exemple standard pour une première grossesse :

6 semaines avant l’accouchement,
10 semaines après l’accouchement,
soit 16 semaines au total.

Cette durée peut aller jusqu’à 26 semaines pour le 3ᵉ enfant et jusqu’à 46 semaines pour une naissance multiple (jumeaux ou triplés).

Affection de longue durée (ALD)

En cas d’ALD, la durée maximale d’indemnisation est portée à 3 ans (1 095 jours), dans les limites suivantes :

Arrêt médicalement justifié,
Reconnaissance officielle de l’ALD par la CPAM.

Démarches et traitement du dossier

Pour déclencher le versement des IJSS, certaines formalités doivent être strictement respectées.

Transmission de l’arrêt de travail sous 48h

Le salarié doit transmettre son arrêt de travail dans un délai maximum de 48 heures à :

Son employeur (volets 1 et 2),
La Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) (volet 3).

Depuis 2023, cette procédure est largement dématérialisée via le portail Ameli Pro, utilisé par les médecins prescripteurs.

Délais de versement

L’Assurance Maladie s’engage à verser les IJSS dans un délai moyen de 14 jours après réception du dossier complet. En cas de subrogation, c’est l’employeur qui reçoit le paiement et le reverse au salarié.

Suivi et démarches en ligne

Les assurés peuvent :

Suivre le traitement de leur dossier sur leur compte Ameli.fr,
Télécharger leurs attestations d’indemnités journalières (utiles pour les complémentaires santé),
Consulter les montants versés.

L’employeur, de son côté, doit :

Transmettre la Déclaration Sociale Nominative (DSN) dans les délais,
Indiquer clairement la subrogation le cas échéant.

Fiscalité des IJSS : imposition et prélèvements sociaux

Les IJSS ne sont pas des revenus “exonérés”. Elles sont soumises à des contributions et, dans certains cas, à l’impôt sur le revenu.

Les prélèvements appliqués aux IJSS

Les IJSS versées par l’Assurance Maladie sont soumises à deux types de prélèvements sociaux obligatoires :

CSG (Contribution sociale généralisée) : 6,2 %,
CRDS (Contribution au remboursement de la dette sociale) : 0,5 %.

Ces contributions sont prélevées à la source sur les indemnités brutes versées. En d’autres termes, le salarié ne perçoit pas l’intégralité du montant annoncé dans le calcul initial.

Exemple pour une IJ brute de 50 € / jour :

Détail	Montant
CSG (6,2 %)	3,10 €
CRDS (0,5 %)	0,25 €
Montant net versé	≈ 46,65 €

Ces taux sont appliqués après abattement de 1,75 % sur l’assiette de calcul, comme pour d'autres revenus de remplacement.

Exceptions aux prélèvements

Certaines indemnités sont exonérées de CSG/CRDS :

Accident du travail (AT),
Maladie professionnelle (MP),
Pensions d’invalidité dans certaines conditions.

Imposition sur le revenu : quels cas sont concernés ?

Certaines indemnités journalières doivent être déclarées aux impôts. D’autres sont totalement exonérées.

Indemnités imposables :

Les IJSS perçues dans le cadre d’un arrêt maladie ou d’un congé maternité / paternité / adoption sont soumis à l’impôt sur le revenu, comme des revenus de remplacement.

Elles apparaissent automatiquement dans la déclaration préremplie de la DGFIP, dans la catégorie « traitements et salaires » (cases 1AJ à 1DJ).

Indemnités exonérées d’impôt :

IJSS versées au titre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle (AT/MP),
Indemnités versées dans le cadre d’un congé de proche aidant ou d’une ALD exonérante si elles remplacent une rémunération non imposable.

Traitement pour les travailleurs indépendants

Pour les indépendants, les IJSS versées par la Sécurité sociale des indépendants (SSI) sont considérées comme :

Imposables si elles remplacent un revenu professionnel,
A déclarer en BNC (bénéfices non commerciaux) si le régime réel est utilisé,
A intégrer dans le micro-BNC si le régime micro est choisi.

Subrogation et maintien de salaire : ce que doivent savoir les employeurs

Quand un employeur maintient tout ou partie du salaire pendant un arrêt, il peut percevoir les IJSS à la place du salarié : c’est le principe de subrogation.

Fonctionnement de la subrogation

La subrogation est un mécanisme administratif par lequel l’employeur est remboursé directement par l’Assurance Maladie des indemnités journalières dues au salarié lorsque ce dernier continue à percevoir son salaire pendant un arrêt de travail.

Quelles sont les conditions ?

L’employeur doit assurer un maintien de salaire total ou partiel, prévu soit par la loi (articles L.1226-1 et suivants du Code du travail), soit par la convention collective ou un accord d’entreprise.
Le montant maintenu doit être au moins égal à celui des IJSS versées par la CPAM.
L’entreprise doit faire une demande explicite de subrogation au moment de l’envoi de l’attestation de salaire via Net-Entreprises ou la DSN.

Quelle est la durée maximale ?

La subrogation est valable pendant toute la durée de l’arrêt tant que le maintien de salaire est effectif. En cas d’arrêt prolongé, une nouvelle attestation de salaire peut être exigée à la fin de chaque période.

Erreurs fréquentes :

Déclaration incomplète ou oubli de cocher la case « subrogation » sur la DSN,
Montant maintenu inférieur au montant des IJSS (subrogation rejetée),
Retards de transmission entraînant des blocages de remboursement.

Pourquoi opter pour la subrogation ?

La subrogation sécurise les flux financiers et facilite la relation tripartite entre salarié, employeur et Assurance Maladie.

Avantages pour l’entreprise :

Centralisation des flux : l’employeur perçoit les IJSS et ajuste le bulletin de salaire du salarié en conséquence. Cela évite que le salarié reçoive d’un côté son salaire, et d’un autre côté des IJSS à rembourser.
Simplification de la paie : la subrogation permet de suivre précisément les montants remboursés par la CPAM et de les intégrer directement dans le traitement comptable.
Trésorerie optimisée : en étant remboursé directement, l’employeur limite l’avance de fonds prolongée, notamment en cas d’arrêts longs.

En cas de non-subrogation :

Le salarié perçoit directement les IJSS et l’entreprise n’a aucun retour automatisé sur les montants versés.
Cela peut engendrer des décalages, voire des erreurs dans les paies, surtout si l’employeur maintient un salaire par erreur.

Le rôle des logiciels RH et des outils de gestion

L’automatisation des déclarations sociales et du suivi des IJSS repose aujourd’hui sur les SIRH (Systèmes d’Information de gestion des Ressources Humaines) et les outils de paie compatibles DSN.

Fonctions clés des logiciels :

Intégration de la déclaration automatisée d’arrêt via DSN,
Calcul du maintien de salaire net avec ou sans complément de prévoyance,
Alertes en cas d’oubli, de non-concordance ou de rejet de remboursement.

Exemples de solutions utilisées :

Outil / éditeur	Fonctionnalité notable
Eurécia	Suivi des absences avec module IJSS & subrogation intégré
Fortify	Audit IJSS, récupération des IJ non perçues, automatisation
Silae, PayFit, ADP	Systèmes de paie compatibles DSN avec gestion subrogation

Ces outils permettent également de conserver un historique des flux IJSS, de générer des relevés analytiques pour la comptabilité et d’assurer la conformité réglementaire en cas de contrôle URSSAF.

Optimiser les IJSS : bonnes pratiques pour salariés et RH

Entre plafonds, démarches, fiscalité et gestion RH, il existe des leviers pour mieux anticiper et sécuriser les arrêts indemnisés.

Pour les salariés : éviter les erreurs et comprendre ses droits

Une bonne connaissance de ses démarches et de sa convention collective permet de sécuriser ses revenus pendant l’arrêt.

1. Transmettre l’arrêt de travail dans les délais

Le salarié doit impérativement envoyer son arrêt dans les 48 heures suivant la prescription :

Volet 1 et 2 à l’employeur (ou transmission numérique si disponible),
Volet 3 à la CPAM (ou envoi par le médecin via Ameli Pro).

Un retard peut entraîner le refus d’indemnisation ou un report du début des IJSS.

2. Suivre ses versements sur le compte Ameli

Le compte Ameli.fr permet de :

Vérifier la réception de l’arrêt par la CPAM,
Consulter les dates et les montants des indemnités versées,
Récupérer les attestations d’IJSS (utiles pour la complémentaire santé).

Les erreurs de virement ou de montant peuvent ainsi être détectées rapidement.

3. Connaître sa convention collective ou son contrat

Selon les accords d’entreprise, certains salariés bénéficient de :

Un maintien de salaire à 100 % dès le 1er jour,
Un complément de prévoyance (versé par un assureur tiers),
Une exonération de carence.

Exemple : la convention Syntec prévoit un maintien de salaire dès le 1er jour d’arrêt, avec subrogation par l’employeur.

Le salarié a intérêt à consulter son contrat de travail, sa convention collective ou le service RH pour connaître ses droits exacts.

Pour les employeurs et les RH : anticiper et fiabiliser les arrêts

Une gestion rigoureuse des absences permet d’éviter les contentieux, les erreurs de paie et les pertes financières pour l’entreprise.

1. Mettre à jour les SIRH et les logiciels de paie

Les arrêts de travail doivent être :

Saisis correctement dans le SIRH ou le logiciel de paie,
Transmis en DSN à l’Assurance Maladie sans erreur de code,
Suivis dans le temps en cas de prolongation, reprise, ou reprise à temps partiel thérapeutique.

Les réformes de plafond IJSS du 1er avril 2025 doivent être intégrées dans les paramétrages logiciels pour éviter les décalages entre indemnisation attendue et réelle.

2. Vérifier l’éligibilité à la subrogation

La subrogation n’est pas automatique : il faut :

Vérifier que le maintien de salaire est effectif (loi ou convention),
Cocher la subrogation dans la DSN,
Suivre les remboursements de la CPAM et signaler tout rejet.

Des outils comme Fortify ou Eurecia permettent de suivre en temps réel les IJSS dues/non perçues.

3. Sensibiliser les équipes RH/paie à la réforme

Depuis l’entrée en vigueur du nouveau plafond IJSS (1,4 SMIC) durant avril 2025, il est essentiel de :

Informer les gestionnaires RH et paie,
Ajuster les calculs de bulletins pour éviter les trop-perçus,
Prévenir les insatisfactions salariales liées à la baisse du montant d’IJSS pour les cadres.