Arrêt maladie indépendant : indemnités, droits et démarches

Lorsque l’on est travailleur indépendant, un arrêt maladie peut vite devenir une source d’inquiétude : perte de revenus, démarches administratives complexes, conditions d’indemnisation parfois méconnues… Contrairement aux salariés, les entrepreneurs, freelances, professions libérales ou auto-entrepreneurs ne bénéficient pas systématiquement des mêmes garanties. Pourtant, il existe bien un dispositif spécifique permettant aux indépendants de percevoir des indemnités journalières et de maintenir une partie de leurs revenus pendant une incapacité temporaire.

Dans cet article, nous vous expliquons tout ce qu’il faut savoir sur l’arrêt maladie indépendant : conditions pour en bénéficier, calcul des indemnités, démarches administratives, droits, durée de versement et solutions pour améliorer votre protection en cas d’imprévu.

Comment fonctionne un arrêt de travail pour un indépendant ?

Lorsqu’un travailleur indépendant est dans l’incapacité temporaire d’exercer son activité pour raison médicale, il peut bénéficier d’un arrêt de travail et percevoir des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale des indépendants (SSI).

Ces indemnités compensent la perte de revenus liée à l’arrêt d’activité. Elles permettent de maintenir une partie du revenu pendant la période d’incapacité.

Rappel sur la Sécurité sociale des indépendants

La Sécurité sociale des indépendants (SSI) est le dispositif qui gère la protection sociale des travailleurs non-salariés. Elle a remplacé l’ancien Régime social des indépendants (RSI) et a été intégrée au régime général de la Sécurité sociale afin de simplifier les démarches et d’harmoniser la gestion des droits. Comme pour les salariés, elle couvre la maladie, la maternité, la retraite ou encore les prestations familiales.

Indépendants : Quelles sont les conditions pour bénéficier d’un arrêt maladie indemnisé ?

Les travailleurs indépendants affiliés à la Sécurité sociale des indépendants (SSI) peuvent percevoir des indemnités journalières (IJ) en cas d’arrêt maladie, à condition de remplir certains critères.

Affiliation : être affilié à la SSI ou à la CPAM au titre d’une activité indépendante depuis au moins 12 mois continus. Les périodes d’affiliation en tant que salarié peuvent être prises en compte si elles s’enchaînent sans interruption avec l’activité indépendante.
Cotisations : être à jour de ses cotisations sociales.
Revenus : justifier d’un revenu annuel au moins égal à 10 % du Plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS), soit 47 100 € en 2025.
Arrêt médical : disposer d’un certificat médical prescrit par un médecin et transmettre les volets nécessaires à la SSI dans un délai de 48 h.
Exercice de l’activité : exercer effectivement son activité au moment de l’arrêt de travail.
Incapacité médicale : être dans l’incapacité temporaire de poursuivre ou de reprendre son activité pour raison médicale, constatée par un médecin.

À noter : Les indemnités journalières ne peuvent pas être cumulées avec une pension d’invalidité ou une allocation chômage.

Comment déclarer son arrêt de travail quand on est indépendant ?

Lorsqu’un médecin (généraliste, spécialiste ou remplaçant) constate votre incapacité temporaire à exercer, il peut vous prescrire un avis d’arrêt de travail. Ce document est indispensable pour bénéficier d’indemnités journalières et doit être transmis rapidement à votre caisse d’assurance maladie.

Deux cas peuvent alors se présenter :

Arrêt de travail télétransmis

Si votre médecin a utilisé le service de télétransmission, les volets 1 et 2 sont directement envoyés par internet à votre CPAM via votre carte Vitale.
Vous recevez uniquement le volet 3, que vous devez conserver.

Arrêt de travail papier

Si votre médecin ne peut pas télétransmettre, il vous remet un formulaire papier sécurisé en 3 volets.
Vous devez transmettre les volets 1 et 2 au service médical de votre CPAM dans un délai de 48 heures maximum.
Le volet 3 est à conserver, sauf si vous êtes au chômage (dans ce cas, il doit être envoyé à France Travail).

À noter : Depuis le 1er juillet 2025, seul le nouveau formulaire Cerfa sécurisé sera accepté pour les arrêts papier. Aucun scan ou photocopie ne sera recevable.

Respect du délai

Le non-respect du délai de 48 h peut entraîner :

1er retard : un simple rappel par courrier.
Retards suivants : réduction des indemnités journalières.
Absence totale d’envoi : aucune indemnisation.

En cas d’hospitalisation ou d’empêchement, joignez un justificatif à votre envoi.

Arrêt maladie indépendant : comment calculer les indemnités journalières ?

Le montant de l’indemnité journalière (IJ) est égal à 1/730ᵉ du revenu d’activité annuel moyen (RAAM). Ce RAAM correspond à la moyenne des revenus cotisés sur les trois dernières années précédant la date de l’arrêt de travail.

EXEMPLE :

Madame Sophie est graphiste indépendante. Son revenu professionnel moyen des 3 dernières années s’élève à 28 000 €.

Ses indemnités journalières maladie seront calculées ainsi :

28 000 € × 1/730 = 38,36 € par jour

Plafond :

Vos revenus sont pris en compte dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) en vigueur à la date de l’arrêt, soit 47 100 € bruts au 1er janvier 2025.

Même si vos revenus dépassent ce plafond, votre indemnité journalière ne pourra pas excéder 64,52 € bruts par jour (au 1er janvier 2025).

Revenu minimum :

Si votre RAAM est inférieur à 4 383,20 € (soit 10 % du PASS moyen des 3 années de référence), aucune indemnité journalière ne sera versée.

Cas des auto-entrepreneurs :

Pour le calcul, le revenu annuel correspond au chiffre d’affaires annuel diminué de l’abattement forfaitaire :

71 % pour les activités de vente (BIC Vente) ;
50 % pour les services commerciales ou artisanales (BIC Prestations) ;
34 % pour les activités libérales (BNC).

Versement des indemnités journalières pour les indépendants en arrêt maladie : Comment cela se passe ?

Pour un travailleur indépendant, les indemnités journalières sont versées à partir du 4ᵉ jour d’arrêt de travail.

Le paiement est effectué par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM), généralement tous les 14 jours. Vous pouvez consulter vos relevés de paiement directement dans votre compte ameli.

Le délai de carence

Un délai de carence de 3 jours s’applique au début de chaque arrêt de travail : aucune indemnité n’est versée pendant cette période.

Cas d’exonération du délai de carence

Ce délai ne s’applique pas :

si votre arrêt est une prolongation faisant suite à une reprise d’activité de moins de 48 heures ;
si votre arrêt est lié à une affection de longue durée (ALD), le délai n’étant retenu que pour le premier arrêt sur une période de 3 ans ;
si votre arrêt fait suite à une interruption spontanée de grossesse (fausse couche).

Un indépendant peut-il demander une prolongation de son arrêt de travail ?

Si votre santé ne vous permet pas encore de reprendre le travail, votre arrêt peut être prolongé. Cette démarche doit être effectuée avant la date de fin de votre arrêt initial.

Comme pour le premier avis d’arrêt, vous devez transmettre l’avis de prolongation à votre CPAM dans un délai de 48 heures, ainsi qu’à France Travail si vous percevez l’allocation chômage des travailleurs indépendants.

Qui peut prescrire la prolongation ?

Le médecin ayant prescrit l’arrêt initial ;
Votre médecin traitant ;
Leur remplaçant ;
Un médecin spécialiste consulté à la demande de votre médecin traitant ;
Une sage-femme (pour les arrêts liés à la maternité ou la grossesse) ;
Un médecin hospitalier si vous êtes hospitalisé.

En dehors de ces situations, vous devrez justifier qu’il vous était impossible de consulter l’un de ces professionnels (par exemple, absence ou indisponibilité) et fournir tout document justificatif à votre CPAM.

Quelle est la durée de versement des indemnités journalières pour un indépendant ?

Pour les travailleurs indépendants, les indemnités journalières maladie peuvent être versées pendant 360 jours maximum sur une période glissante de 3 ans, pour une ou plusieurs maladies.

Dans le cadre d’une ALD, les IJ peuvent être versées pendant 3 ans maximum, calculés de date à date pour chaque affection.

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique dans le cadre d’un arrêt maladie d’un indépendant ?

Un travailleur indépendant peut, sur prescription médicale, reprendre son activité à temps partiel thérapeutique tout en percevant des indemnités journalières. Cette reprise doit contribuer à :

Améliorer son état de santé ;
Permettre une rééducation ;
Faciliter une réadaptation professionnelle compatible avec son état de santé.

En cas de mi-temps thérapeutique, l’IJ versée correspond à la moitié de l’indemnité journalière perçue lors d’un arrêt complet. En 2025, ce montant se situe entre 3,00 € et 32,26 € par jour selon le revenu.

La durée de versement est limitée à :

90 jours maximum sur 3 ans
270 jours maximum sur 4 ans pour les assurés en ALD

Comment améliorer votre couverture santé en tant qu’indépendant ?

Les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale des indépendants (SSI) peuvent ne pas suffire à couvrir toutes vos charges ou maintenir votre niveau de vie pendant un arrêt maladie. Pour mieux vous protéger, il est conseillé de souscrire à des assurances complémentaires.

Les mutuelles spécifiques pour indépendants

Les indépendants peuvent souscrire à des mutuelles dédiées, appelées mutuelles TNS (Travailleurs Non Salariés), conçues pour compléter la protection sociale limitée du régime obligatoire. Ces mutuelles sont adaptées aux besoins particuliers des travailleurs indépendants et offrent généralement des remboursements supérieurs à ceux des mutuelles classiques pour les salariés, surtout sur les postes peu ou mal remboursés par la Sécurité sociale.

Postes de remboursement généralement couverts par une mutuelle TNS :

Consultations médicales : médecins généralistes et spécialistes.
Hospitalisation : frais de séjour, chirurgie, anesthésie et soins annexes.
Soins dentaires : prothèses, orthodontie, implants et soins courants.
Optique : lunettes, lentilles, montures et verres correcteurs.
Audition : appareils auditifs et soins audiologiques.
Médicaments : compléments de remboursement au-delà du ticket modérateur.
Soins paramédicaux : kinésithérapie, ostéopathie, psychomotricité, orthophonie.
Médecines douces : certaines mutuelles TNS proposent des remboursements pour ostéopathie, acupuncture ou chiropractie, selon le contrat.

Certaines mutuelles TNS offrent des options supplémentaires, comme le tiers payant étendu, l’assistance à domicile ou la couverture pour les ayants-droits.

La prévoyance individuelle

La prévoyance complémentaire permet de compléter les indemnités journalières versées par la SSI, afin de compenser la perte de revenus liée à l’arrêt d’activité. Elle est particulièrement utile pour :

couvrir les charges fixes de votre activité (loyer, salaires, factures, etc.) ;
maintenir un niveau de vie stable en cas d’arrêt prolongé ;
bénéficier de garanties supplémentaires (ex. garde d’enfants, livraison de médicaments).

En tant qu’indépendant : Comment se préparer financièrement à un arrêt maladie ?

Pour anticiper et mieux gérer financièrement un arrêt maladie, il faut commencer par maintenir ses cotisations à jour, afin de garantir ses droits à indemnisation.

La souscription à une mutuelle pour indépendant adaptée permet de compléter les remboursements de la Sécurité sociale, notamment sur les postes mal couverts comme l’optique, le dentaire, l’audition ou l’hospitalisation. Elle assure également un meilleur accès aux soins, réduit les dépenses imprévues et contribue à préserver la stabilité financière du travailleur indépendant en cas d’arrêt maladie.

Il est également recommandé de constituer une réserve financière pour couvrir le délai de carence et faire face à d’éventuelles absences prolongées.

Par ailleurs, il convient d’informer rapidement la CPAM et de respecter scrupuleusement les formalités administratives pour éviter toute sanction ou suspension d’indemnités.

Comment déclarer ses indemnités journalières aux impôts en tant qu’auto-entrepreneur ?

Les indemnités journalières perçues en cas d’arrêt maladie sont partiellement soumises à l’impôt et aux prélèvements sociaux. Elles sont assujetties à :

0,5 % de contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) ;
6,2 % de contribution sociale généralisée (CSG).

En revanche, les indemnités versées pour un arrêt de travail lié à une affection de longue durée (ALD) ne sont pas imposables.

Depuis le 1er janvier 2019, un prélèvement à la source est appliqué sur vos indemnités journalières : le taux d’imposition est calculé et transmis automatiquement par l’administration fiscale à l’Assurance Maladie, qui effectue directement la retenue.

Quelles sont les obligations du travailleur indépendant pendant l’arrêt maladie ?

Pour continuer à percevoir ses indemnités journalières, l’indépendant doit :

Respecter les conditions de sortie fixées par le médecin : sorties interdites, horaires encadrés (9 h–11 h / 14 h–16 h) ou sorties libres sur accord médical.
Cesser toute activité professionnelle (même bénévole), sauf autorisation médicale.
Se soumettre aux contrôles de la CPAM (visite à domicile, convocation). Le non-respect entraîne la réduction ou la suppression des IJ.
Déclarer tout changement d’adresse pendant l’arrêt ; un départ à l’étranger nécessite l’accord préalable de la caisse.
Informer immédiatement la CPAM en cas de reprise anticipée du travail.